前一支为颛顼嬴姓的后代，发源地是甘肃省天水的故秦地。自秦朝灭亡以后，其公族便以国名为姓氏，其后裔多居于陕西等地。后一支则为黄帝姬姓的后代，其发源地在今河南范县及山东曲阜一带，后来发展成为中国秦姓繁衍的主流，而且其从一开始就向陕西省境内及湖北省播迁。在战国时期，秦姓族人北上发展到今天的河北省境内。先秦时期，秦姓已分布于河南、陕西、山东、湖北、河北等地。
到了西汉初年，为了清除各地的旧贵族及豪强势力，维护汉朝的中央集权统治，汉高祖刘邦采纳了娄敬（刘敬）的建议，迁徙六国贵族的后裔和关东（今陕西省潼关以东的地区）的豪族到关中，从而使之置于中央政府监视之下，人口大约有二十万之众，这其中就有山东秦姓的一支豪族迁居扶风茂陵（今陕西省兴平县东北）。这支秦姓人丁兴旺，官宦众多，故世号“万石秦氏”，从而成为当地一望族。
与此同时，已有秦姓或迁入甘肃、江苏，或迁入四川、北京等地。大约在汉末或三国时期，源自姬姓后裔的秦姓有一支迁入山西，后形成一大郡望，即太原郡。而秦姓南迁始于秦代以前，魏晋南北朝时，由于北方连年战乱不断，秦姓便再次南迁。同时，在今甘肃境内又形成一大郡望，即天水郡。魏晋以后，已分布于江南许多地方，以江苏、浙江为主，其中江苏以无锡，浙江以绍兴、宁波最为集中。宋、元、明时期，秦姓有迁至广西、安徽、贵州、福建、北京、上海等省市者，历清至近现代，分布地更广，遍布于全国各地，而且还有不少移居海外，从而使秦姓得以更加广播，枝叶进一步繁茂。
